Kõue mõis on üks Eesti vanimaid mõisaid ning väga tugevalt seotud selle maa ajalooga. Mõisa on esmakordselt mainitud 1241. aastal Taani hindamisraamatus. Mõisa paksud ja korrapäratud seinad annavad alust arvata, et algselt võis see olla keskaegne vasallkindlus. Härrastemaja on ehitatud mitmes järgus, pillav ornamentika lisati barokiajastul.
Mõisa esimene teadaolev omanik oli Taani kuninga vasall Gerhardus de Kouwe (Kõue Gerhard). Arvatakse, et Gerhardus osales 1343. aastal Jüriöö ülestõusus ning kaotas mõisa pärast eestlaste ülestõusu mahasurumist.
Kõue oli viikingiajal eesti üliku elukoht, millel ajaloolaste arvates pidi juba nime tõttu olema eriline roll. Kõue mõisa maadelt on seni avastatud seitse arheoloogiamälestist, sealhulgas neli viikingiaegset hõbeaaret. Tollal elasid siin jõukad inimesed, kes kaubitsesid Skandinaavia ja Vene aladega, tootsid rauda, valmistasid kauneid ehteid ning austasid äikese- ja viljakusjumal Kõuet.
Kõue mõis oli koduks maailmakuulsale maadeavastajale ja meresõitjale Otto von Kotzebuele.
Liivi sõja ajal kuulus mõis kuulsale sõjapealikule Heinrich Dückerile, hiljem Eestimaa rüütelkonna peamehele Tönnies von Wrangellile.
Mõisa ostsid ja asusid seda püüdlikult taastama Eerik-Niiles Kross ja Mary Jordan. Ehkki hoone oli veel vaid hale vari oma kunagisest hiilgusest, lummas Eerikut ja Maryt selle koha rikas ajalugu. Tunnustatud dokumentalist ja kunstnik Mary Jordan nägi mõisa potentsiaali ning pühendas end kompleksile uue elu sisse puhumisele.
1906. aastal sai mõisast naabruses asuva Hagemeistrite perekonnale kuuluva Paunküla mõisa kõrvalmõis, kelle valdusesse jäi Kõue mõis seniks, kuni vastloodud Eesti Vabariik selle 1919. aastal sundvõõrandas. 1920-30 aastatel oli mõisa omanikuks tunnustatud Vabadussõja kangelane ja Eesti sõjaväeluure ülem kolonel Karl Laurits. 1941. - 1972. aastani tegutses mõisas Kõue kool, mille sulgemisel jäi mõisakompleks mitmekümneks aastaks tühjalt lagunema.
Pärast pingelisi renoveerimistöid avas Kõue mõis 2. juunil 2012 taas uksed.
(1787-1846) oli baltisakslasest maadeavastaja, kes töötas Venemaa mereväe teenistuses. Kuulsa näitekirjaniku August von Kotzebue poeg sündis Revalis (praegune Tallinn), mis tol ajal kuulus Vene impeeriumi koosseisu. Suurema osa oma elust elas Otto von Kotzebue Kõue mõisas, kus on säilinud palju tema isiklikke asju, sealhulgas maakaardid, päevikud ja illustratsioonid. Oma kõige tuntumal ekspeditsioonil 1815. aastal avastas Kotzebue Rumjantsevi ja Krusensterni (tänapäeval Tikehau) korallsaared ning Rjuriku saarteaheliku, ning kogus väärtuslikku botaanilist ja etnograafilist informatsiooni.
Tänu heale koostööle Eesti Ajaloomuuseumiga on Kõue mõisal au eksponeerida paljusid tema reisidega seotud esemeid ja isiklikke asju.
Otto von Kotzebue elu oli värvikas. Pärast õpinguid Peterburi Kadetikorpuses võttis ta 1803-1806 osa Adam Johann von Krusensterni merereisist. Ülendatuna leitnandiks määrati Kotzebue juhtima prikil “Rjurik” toimunud ekspeditsiooni, mida rahastas riigikantsler krahv Nikolai Rumjantsev. Purjelaev, mille meeskonnas oli üksnes 27 meest, teiste hulgas looduseuurijad Johann Friedrich von Eschscholtz ja Adelbert von Chamisso ning kunstnik Louis Choris, asus Kotzebue juhtimisel teele 30. juulil 1815, et leida pääs läbi Põhja-Jäämere ja uurida Okeaania vähem tuntud piirkondi. Hoorni neemest möödumisel avastas ta Rumjantsevi ja Krusensterni (tänapäeval Tikehau) korallsaared ning Rjuriku saarteaheliku, seejärel suunduti Kamtšatkale ning juuli keskpaiku keerati nina põhja poole, seilates piki Põhja-Ameerika looderannikut, kus kaugel Tšuktši meres avastati ja nimetati Kotzebue laht ja Krusensterni neem. Aasia riikide rannikuvete kaudu seilati tagasi lõuna suunas ning peatuti kolm nädalat Hawaii ja Marshalli saarestikes, kus 1817. aasta 1. jaanuaril avastati Mejit saar, millele von Kotzebue andis nimeks Uue Aasta saar. Esialgu jätkati pärast seilamist Vaikses ookeanis taas teekonda põhja poole, kuid tõsine haigus sundis von Kotzebued Euroopasse naasma. Neeva jõe suudmesse jõuti 3. augustil 1818, kaasas suur kollektsioon seni tundmatuid taimi ja suur hulk uut etnoloogilist teavet.
1823. aastal, mil Kotzebuest oli saanud kapten, usaldati talle ekspeditsioon kahe sõjalaevaga, mille peamine eesmärk oli abivägede viimine Kamtšatkale. Ent luubi “Predprijatie” pardal olid teiste hulgas kaasas teadlased, kes kogusid väga väärtuslikku geograafilist, etnograafilist ja loodusloolist teavet ning materjale. Ekspeditsioonil külastati Hoorni neemest möödumisel ka Rataki ja Seltsisaari. Petropavlovskisse jõuti 1824. aasta juulis. Piki rannikut seilates tehti täpsemalt kindlaks mitu geograafilist asukohta, külastati Samoa saarestikku ja tehti uusi avastusi. Tagasitee kulges mööda Mariaani, Filipiini, Uus-Kaledoonia ja Hawaii saarestikust ning tagasi Kroonlinna jõuti 10. juulil 1826.
Otto von Kotzebue sulest on ilmunud kaks saksakeelset jutustust: “Entdeckungs-Reise in die Süd-See und nach der Berings-Strasse zur Erforschung einer nordöstllichen Durchfahrt in de Jahren 1815, 1816, 1817 und 1818” (3 köidet, 1821) ja “Neue Reise um die Welt in den Jahren 1823, 24, 25 und 26″ (1830). Neist viimane on 1978. aastal ilmunud ka eesti keeles nime all “Reis ümber maailma aastail 1823–1826”.
Otto von Kotzebue suri Revalis 1846. aastal ja maeti Tallinnast umbes 30 km kaugusel asuvasse Kose kirikuaeda. Oma elu viimased 14 aastat elaski Kose lähedal asuvas Kõue mõisas.
Otto von Kotzebue jättis endast märkimisväärse pärandi. Kotzebue järgi on nimetatud tema avastatud Tšuktši mere laht Alaska looderannikul ja linn sama lahe ääres Alaskal. Filipiinidel elav liblikas Pachliopta kotzebuea ning Põhja-Ameerikas kasvav Kotzebue ädalalill (Parnassia kotzebuei) on samuti tema järgi oma nimed saanud. Tallinnas Põhja-Tallinnas Kalamaja asumis paiknev Kotzebue tänav on oma nime saanud tema saavutuste auks.
Kotzebue pere vapil on kujutatud kalifornia läänemagunat ehk kuldmooni (ladina keeles Eschcholzia californica), millele andis nime Otto von Kotzebuega ekspeditsioonil viibinud looduseuurija Adelbert von Chamisso, avaldades seeläbi austust oma sõbrale Johann Firedrich Eschscholtz’ile, kes osales samal ekspeditsioonil noore arsti ja botaanikuna. Vapil on seda looduses valgest tumepunaseni esinevat lille kujutatud sinisena.
Eesti Kaunis Kodu 2013 
Kõue mõis valiti konkursi "Eesti Kaunis Kodu 2013" raames Harjumaa kaunimaks ühiskondlikuks hooneks.
Parima kujundusega hotell 2016
Kõue mõis on esimene ja ainuke Eesti butiikhotell, kes on pärjatud The World Boutique Hotel Award auhinnaga, kui maailma kõige imepärasema sisekujundusega butiikhotell (World's Most Inspired Design Hotel). Kõue mõis pälvis selle tunnustuse, sest on võimeline oma külalised paiga ajaloo, kultuuri ja talle omase elegantsi kaudu muinasjutumaailma viima. Kõue mõisa teenindus on intuitiivne, keskkond intiimne ja sealt saadav kogemus hindamatu.
